Berikut adalah garis waktu sejarah HKBP

1. 1824 Pekabar injil datang ke tanak Batak untuk yang pertama kali dari Gereja Baptis Inggris yaitu: Pdt. Burton dan Pdt. Ward.
2. 1825–1829 Perang Tuanku Rao (Perang Bonjol) yang melibatkan bangsa Batak
3. 1834 Pdt. Samuel Munson dan Pdt. Hendy Lyman datang ke tanah Batak disuruh oleh Persekutuan Zending Boston, akan tetapi mereka dibunuh di desa Lobu Pinang.
4. 1840 Franz Wilhelm Junghuhn mempelajari Bahasa Batak dan Adat Batak, memberitahukan bangsa Eropa mengenai bangsa Batak.
5. 1849 Herman Neubronner van der Tuuk dari Amsterdam disuruh Persekutuan Bibel Netherland meneliti Bahasa Batak. Dia sempat menuliskan isi Alkitab berbahasakan Bahasa Batak, menulis tata Bahasa Batak dan membuat kamus Bahasa Batak – Belanda beserta cerita-cerita rakyat..
6. 1853 Akibat perlakuan yang tidak simpatik dari suku Banjarmasin terhadap pendeta, maka Dr. Fabri pimpinan dari Rheinische Zending – Belanda memutasikan para pendeta dari Banjarmasin ke Tanah Batak, setelah membaca surat yang datang dari Tanah Batak tentang pekabaran Injil yang baru dirintis di Tanah Batak.
7. 1857 Pdt. Van Asselt dari Ermelo-Belanda, utusan Ds. Witteveen, melakukan pelayanan di Desa Parau Sorat, daerah Sipirok, Tapanuli Selatan

1. 1861
2. 1862 Berdirinya Jemaat di Sarulla dan Pangalaon Pahae

• 31 Maret - Sebagai tanda diterimanya pekabaran Injil di Tanah Batak dimulai dengan adanya baptis perdana yang dilakukan oleh Pdt. Van Asselt terhadap dua orang suku Batak (Jakobus Tampubolon dan Simon Siregar) di Parau Sorat, Sipirok. Ini adalah baptisan pertama yang diterima oleh orang Batak dan tanggal ini sampai sekarang diperingati sebagai hari Hakaristenon di Tapanuli.
• 7 Oktober - Merupakan hari lahirnya Huria Kristen Batak Protestan (HKBP), ditandai dengan berundingnya empat orang Missionaris, Pdt. Heine, Pdt. J.C. Klammer, Pdt. Betz dan Pdt. Van Asselt (mereka berasal dari zending Emerllo Belanda dan Zending Rheinische Mission Jerman). Keempat tenaga zending ini mengadakan rapat di Sipirok untuk membicarakan pembagian wilayah pelayanan di Tapanuli.

10.  1864

• 20 Mei - Pdt. I. L. Nommensen membangun gedung di dusun Dame I yang terletak di Desa Saitnihuta Ompu Sumurung, kemudian dinamakannya Godung Huta Dame.
• 29 Mei - Pdt. I. L. Nommensen mengadakan kebaktian minggu pertama di Godung Huta Dame, dan meresmikan gereja pertama yang dibangunnya di Tanah Batak, yaitu HKBP Saitnihuta (Huta Dame Saitnihuta) dan HKBP Pearaja (Kedua gereja ini satu kepanitiaan dalam merayakan Pesta Jubileum. Pada tanggal 20 Mei 1964, HKBP Pearaja merayakan Pesta Jubileum ke 100 tahun, tetapi untuk selanjutnya, tanggal 29 Mei merupakan tanggal resmi Pesta Jubileum yang akan dilakukan oleh kedua gereja ini).
• 25 Desember - Pembaptisan kepada 3 orang Batak di Gereja Sipirok, yaitu Thomas Siregar, Pilipus Harahap dan Johannes Hutabarat yang di baptis Pdt. Klammer.

11.  27 Agustus 1865 Pembaptisan Pertama kepada 13 orang di Silindung

12.  1867 Berdiri jemaat HKBP Pansurnapitu

13.  1868 Berdiri Sekolah Guru di Parau Sorat, Sipirok, Tapanuli Selatan. Murid pertama berjumlah 5 orang, yaitu: Thomas, Paulus, Markus, Johannes dan Epraim. Guru mereka adalah Dr. A.Schreiber dan Leipold

14.  1870 Permulaan berdirinya Jemaat di Sibolga dan Sipoholon

15.  1872 Berdiri Sekolah Normal Pemerintah di Tapanuli Selatan dan Jemaat di Bahal Batu

16.  1877 Berdiri Seminarium di Pansurnapitu, jumlah murid pertama 12 orang

17.  1878 Pdt. I. L. Nommensen menerjemahkan Injil ke Bahasa Batak dalam aksara Batak dan aksara Latin; 306 Desa di Lembah Silindung masuk dalam pemerintahan Kolonial Belanda

18.  1879 Pdt. A. Schreiber menerjemahkan Perjanjian Baru ke dalam bahasa Batak Angkola.

19.  1881 Diresmikan HKBP di Balige; Penyusunan Aturan Dasar dan Aturan Rumah Tangga HKBP, dan Pdt. I.L. Nommensen diangkat menjadi Ephorus HKBP

20.  1883 Sekolah Pendeta Pertama dibuka dan 4 orang putera Batak pertama untuk Sekolah Pendeta, yaitu: Johannes Siregar, Markus Siregar, Petrus Nasution dan Johannes Sitompul. Tetapi, Johannes Sitompul wafat sebelum menyelesaikan studinya.

21.  19 Juli 1885 Pemberkatan Pendeta Batak yang pertama di HKBP Pearaja, yakni: Johannes Siregar, Markus Siregar, Petrus Nasution.

22.  13 Juli 1889 Diutus RMG Nona Hester Needham (23 Januari 1885 – 12 Mei 1897) melayani kaum ibu dan wanita. Ini menjadi awal pelayanan kepada kaum wanita dan anak-anak di Tanah Batak. Pelayanan Nona Hester Needham dibantu oleh Nona Thora di Silindung dan Nona Nieman di Toba.

23.  1890

• 1 Januari - Terbit Surat Parsaoran Immanuel (Jurnal Gereja)
• 8 Januari - Dimulai Nona Hester Needham melayani anak-anak, kaum perempuan di Pansurnapitu, serta turut membimbing murid-murid Sekolah Pendeta di Seminari Pansurnapitu.

24.  1893 Sekolah Zending mendapat subsidi dari Pemerintah

25.  1894 Perjanjian Lama di terjemahkan ke dalam Bahasa Batak oleh Pdt. P.H. Johannsen

26.  16 Juli 1895 Nona Hester Needham ditemani seorang gadis Mandailing, Domi, mengadakan perjalanan ke Muarasipongi Kotanopan.

27.  3 Mei–26 Juli 1896 Nona Hester Needham melayani di Malintang, menginjili di tengah-tengah penganut agama lain di Mandailing Nametmet. Juli, Nona Hester Needham melayani di Maga hingga akhir hayatnya, serta di makamkan di tanah yang telah dibelinya sebelumnya.

28.  1898 Terbit untuk pertama kalinya Kalender Gereja

29.  1899 Dimulai “Pardonaion Mission Batak” yang didirikan orang Kristen Batak serta dipimpin Pdt. Henock Lumbantobing menginjili di daerah yang belum disentuh Injil, yakni: Pulo Samosir, Simalungun dan Dairi.

30.  1900 Berdiri Sekolah Anak Raja dengan pengantar Bahasa Belanda di narumonda Toba. Guru Pohing dan Pdt. Otto Marcks. Sekaligus berdiri di tempat yang sama Sekolah Tukang.

• 2 Juni - Berdirinya Rumah Sakit di Pearaja, yang di tahun 1928 pindah ke Tarutung (RSU Tarutung Sekarang)
• 5 September - Berdiri Perkampungan penderita Kusta di Huta Salem Laguboti.

31.  1901 Seminari Pansurnapitu pindah ke Sipoholon

32.  1902 Disalin Pdt. Schutz Alkitab Perjanjian Baru ke bahasa Batak Angkola yang bertulis latin

33.  1903 Pemberitaan Injil ke Tanah Simalungun dimulai; Sekolah anak Raja di Narumonda menjadi Seminarium;

34.  7 Oktober - Pesta Peringatan Kekristenan yang pertama di Tanah Batak.

35.  1907 Berdiri Jemaat di Pematangsiantar

36.  27 April 1908 Hari lahirnya Jemaat di Sidikalang.

37.  1911 Berdiri Distrik di HKBP, yakni: Tapanuli Selatan (dh. Angkola), Silindung, Humbang, Toba (termasuk Samosir), Sumatera Timur (Simalungun – Ooskust).

38.  1912 Pendeta HKBP Pertama di tempatkan di Medan

39.  1917 “Hatopan Christen Batak” berdiri di Tapanuli sebagai organinasi masyarakat.

• 23 Mei 1918 Pdt. I.L. Nommensen meninggal dunia di Sigumpar

40.  1918 Pdt. V. Kessel menjadi Pejabat Ephorus hingga tahun 1920

41.  1919 Holland Inland School (HIS) Zending berdiri di Narumonda

42.  1920 Pdt. J. Warneck dipilih menjadi Ephorus HKBP.

43.  1922 Pendeta HKBP pertama di tempatkan di Jakarta; Guru Jemaat HKBP pertama di tempatkan di Padang;

44.  20 Juni - Sinode Agung (Sinode Godang) I di HKBP

• 3 Desember 1923 Dimulai pelayanan diakonia di Hepata

45.  1927 Berdiri MULO Kristen di Tarutung; Pelayanan kepada kaum Muda yang dipimpin Dr. E. Verwiebe. Pada Juni 1952 dalam rapat Pemuda di Sipoholon ditetapkan menjadi NHKBP, dan menjadi awal minggu kebangkitan NHKBP (Parheheon)

46.  1930 Berlaku Aturan Gereja (AD dan ART) yang baru.

• 11 Juni 1931 HKBP diakui pemerintah dengan Badan Hukum (Rechtperson) No. 48, yang tertulis di Staatsblad Tahun 1932 No. 360

47.  1932 Pdt. P. Landgrebe dipilih menjadi Ephorus.

48.  1934 Berdiri Sekolah Tinggi Teologia di Jakarta, utusan HKBP yang pertama adalah: T.S. Sihombing, K. Sitompul, O. Sihotang, dan P.T. Sarumpaet; Pendeta HKBP pertama di tempatkan di Kutacane, Tanah Alas; Berdiri Sekolah Bibelvrouw (Penginjil Wanita) di Narumonda yang dipimpin Zuster Elfrieda Harder. Tahun 1938 Sekolah ini pindah ke Laguboti.

49.  1935 Pentahbisan Bibelvrouw yang pertama

50.  1936 Pdt. E. Verweibe dipilih menjadi Ephorus.

51.  1940

• 10 Mei - semua Pendeta Jerman yang melayani di HKBP dipenjarakan Pemerintah Belanda
• Mei-Juli - Pdt. H.F. de Kleine menjadi Pejabat Ephorus.
• 10–11 Juli - Sinode Godang, Pdt. K. Sirait dipilih menjadi Voorzitter (Ephorus) yang pertama dari Pendeta Batak.

52.  1942 Pdt. Justin Sihombing dipilih menjadi Ephorus; Distrik Jawa Kalimantan berdiri;

• 25 November - berdiri Distrik Samosir

53.  1946 Sekolah Guru Huria (SGH) dibuka kembali di Seminarium Sipoholon;

• 2 Februari - Berdiri Distrik Dairi.

54.  1947 Berdiri kembali Sekolah Pendeta di Seminarium Sipoholon

55.  1950 Pdt. Justin Sihombing dipilih kembali menjadi Ephorus HKBP dan Ds. K. Sitompul menjadi Sekretaris Jenderal melalui Sinode Godang.

• 4 November - Berdiri Sekolah Teologia Menengah di Sipoholon

56.  1951 Universitas Bonn menganugerahkan gelar “Doktor Honoris Causa” kepada Pdt. J. Sihombing; Ditetapkan Sinode Godang Konfesi HKBP; Berdiri Percetakan HKBP di Pematangsiantar

• 29 November - Beridiri Distrik Sibolga dan Medan Aceh.

57.  1952 Berdiri SMA dan SGA di Tarutung; HKBP menjadi Anggota LWF (Lutheran World Federation)

58.  1954 Pdt. B. Marpaung diutus Zending Batak menginjili di Pulau Mentawai

• 7 Oktober - Peresmian Universitas Nommensen di Pematangsiantar, sekaligus perpindahan Pendidiakan Teologia dari Seminarium Sipoholon ke Pematangsiantar.
• November - Berdiri Distrik Toba Hasundutan.
• 15 Desember - Penyerahan Rumash Sakit HKBP dari Pemerintah ke HKBP.

59.  1955

• 13 Februari - Berdiri Panti Asuhan Elim di Pematangsiantar
• 25 Agustus - Berdiri Sekolah Puteri di Sipoholon
• 17 Maret 1957 Kirchentag (Kebatian Raya) di Pematangsiantar

60.  1959 Pdt. Justin Sihombing dipilih menjadi kembali Ephorus HKBP dan Ds. T.S. Sihombing menjadi Sekretaris Jenderal.

61.  1961 Berdiri Sekolah Tekhnik di Pematangiantar

• 7 Oktober - Jubileum 100 tahun HKBP di Tarutung

62.  1962 Ds. T.S. Sihombing dipilih menjadi Ephorus dan Ds. G.H.M. Siahaan menjadi Sekretaris Jenderal; Ditetapkan Aturan Peraturan (Ad & ART) yang baru.

• 3–7 Oktober: Sinode Godang Istimewa di Seminarium Sipoholon

63.  1963 Konferensi Kerja HKBP yang pertama; Awal dari Penginjilan di Sakai Kandis Riau; Kursus kaum Ibu yang pertama di Sipoholon.

• 1 September - HKBP Melepaskan HKBP Simalungun menjadi Gereja Kristen Protestan Simalungun (GKPS).

64.  1965 7 Februari - Peresmian Asrama Diakones HKBP “Kapernaum” di Rumah Sakit HKBP Balige.

65.  9 April - Asrama Bibelvrouw di Sinaksak Pematangsiantar dimulai pemakaiannya, dan diresmikan tanggal 9 Juli 1967.

66.  6 Februari 1966 Peresmian Youth Center “Jetun Silangit”

67.  2 April 1967 Peresmian Asrama Pniel di Rumah Sakit HKBP Balige

68.  19 Februari 1968 Peresmian Gedung-gedung di FKIP Universitas HKBP Nommensen di Pematangsiantar.

69.  1971

• 17 Mei - Pendidikan Diakones dibuka di Balige.
• 17 Mei - Pembaptisan pertama kepada orang Rupat (daerah Penginjilan) sebanyak 136 orang yang dilayankan oleh Pdt. A.B. Siahaan, dkk.
• 11 Desember - Peresmian Asrama Bethel dan Betania di Rumah Sakit HKBP Balige.

70.  1972 Ditetapkan Aturan Peraturan (ADT & ART) yang baru

• 28 MeivPeresmian Perkampungan Pendeta Pensiun dan Kantor Departemen Diakonia Sosial di Pematangsiantar.
• 30 Desember - Berdiri Distrik Tanah Alas

71.  1974 Universitas Wittenberg menganugerahkan gelar “Doktor Hanoris Causa” keda Pdt. T.S. Sihombing; Pdt. G.H.M. Siahaan dipilih menjadi Ephorus HKBP dan Pdt. F.H. Sianipar menjadi Sekretaris Jenderal.

• 31 Juli - Berdiri Distrik Asahan Labuhan Batu
• 2–3 November - Jubileum 75 tahun Zending HKBP.

72.  1976

• 27 Januari - Peresmian Pendidikan Diakones HKBP di Balige
• 2 Agustus - HKBP memandirikan HKBP Angkola.

73.  1978 Fakultas Theologia Universitas HKBP diputuskan menjadi Sekolah Tinggi Teologia (STT) HKBP; Pdt. P.M. Sihombing, MTh terpilih menjadi Sekretaris Jenderal HKBP

• 23–27 Januari - Sinode Godang Istimewa di Simanare Sipoholon

74.  24 Juni 1979 Peresmian Distrik Simarkata Pakpak

75.  1980

• 11 Juni - Kursus Ketrampilan Pria berdiri di Parparean Porsea
• 11 Agustus - Kursus Ketrampilan Wanita berdiri di Doloksanggul

76.  1983

• 24 Februari - Persemian Distrik Tebing Tinggi Deli
• 28 Agustus - Penahbisan Diakones Pertama di HKBP Balige
• Februari 1985 Peresmian Distrik Sumatera Bagian Selatan (Sumbagsel)

77.  1986

• 27 Januari - Peresmian Auditorium HKBP di Seminarium Sipoholon
• 27 Juli - Penahbisan Pertama Pendeta Wanita di HKBP, Pdt. Norce P Lumbantoruan
• 14 Agustus - Peresmian Kantor Induk HKBP di Pearaja Tarutung

78.  1987 Pdt. S.A.E. Nababan dipilih menjadi Ephorus HKBP dan Pdt. O.P.T. Simorangkir menjadi Sekretaris Jenderal.

• 27–31 Juni - Sinode Godang ke-48

79.  1988

• 23 Mei: Berdiri Distrik Humbang Habinsaran
• 10–15 November - Sinode Godang ke-49 menetapkan Garis-garis Besar Kebijaksanaan Pembinaan dan Pengembangan (GBKPP) HKBP

80.  1990

• 20–9 Juli - Perkemahan Kerja Pemuda HKBP di Sipirok
• 10–15 Juli - Konferensi Pemuda di Sipirok
• 18–21 Juni - Konsultasi Teologia di Parapat

81.  9–12 April 1991 Sinode Godang ke-50

82.  23–28 November 1992: Sinode Godang ke-51. Ada 3 agenda di Sinode Godang ini, yaitu; Penyelesaian Kemelut HKBP, Periode Fungsionaris dan menetapkan Aturan Peraturan (AD dan ART) HKBP untuk tahun 1992 s/d 2002. Sinode berhasil memutuskan: Tim Penyelesaian Kemelut dan Aturan HKBP 1992 – 2002 (AD) tanpa Peraturan (ART). Pemilihan Fungsionaris HKBP tidak terlaksana, terjadi keributan dan perpecahan di tubuh HKBP hingga tahun 1998.

83.  11–13 Februari 1993 Sinode Godang Istimewa di Medan melalui undangan Pejabat Ephorus. Di Sinode ini terpilih Pdt. P.W.T. Simanjuntak sebagai Ephorus dan Pdt. S.M. Siahaan sebagai Sekretaris Jenderal.

84.  1994

• 29 September–1 Oktober - Sinode Godang ke-52 menetapkan Aturan Peraturan (AD & ART) tahun 1994 – 2004.
• 23 Oktober - Peresmian HKBP Distrik Indonesia Bagaian Timur (IBT)

85.  1995: 16–17 Juni - Sinode Godang Penyatuan HKBP Simarkata Pakpak Otonom dan GKPPD

• 6 Agustus - HKBP memandirikan Gereja Kristen Protestan Pakpak Dairi (GKPPD)
• 24 September - Peresmian HKBP Distrik Jawa Barat, Jawa Tengah dan Yogyakarta (Jabartendy)
• 17–22 November 1996 Sinode Godang ke-53 membicarakan Konfesi HKBP

86.  1998 : Pdt. J.R. Hutauruk terpilih sebagai Pejabat Ephorus dengan tugas menyelenggarakan rekonsiliasi selambat-lambatnya enam bulan.

• 26 Oktober–1 November - Sinode Godang ke-54 di Pematang Siantar / Balige.
• 17 November - Pernyataan bersama yang ditanda tangani Ephorus Pdt. S.A.E. Nababan dan Pejabat Ephorus Pdt. J.R. Hutauruk di Gereja HKBP Sudirman Medan, menentukan rekonsiliasi melalui Sinode Godang Rekonsiliasi tanggal 18–20 Desember.
• 18–20 Desember - Sinode Godang HKBP di Kompleks FKIP Universitas HKBP Nommensen Pematangsiantar. Pdt. J.R. Hutauruk terpilih sebagai Ephorus dan Pdt. W.T.P. Simarmata terpilih sebagai Sekretaris Jenderal

87.  2000

• 26 Juli - Konferensi Nasional HKBP di Convention Center Jakarta
• 21–24 November - Sinode Godang di Seminarium Sipoholon nemetapkan ”Kebijakan Dasar Pendidikan HKBP” (KDP-HKBP)

88.  2002: 30 September–1 Oktober - Sinode Godang di Seminarium Sipoholon menetapkan Aturan Peraturan (AD&ART) yang baru, berlaku 1 Januari 2004, dan Distrik : Jakarta 2, Kepulauan Riau, Jakarta 3, Riau, Langkat, Wilayah Tanah Jawa, Jambi.;

2011: 7 Oktober - Jubileum 150 Tahun HKBP